Die Geschichte dreht sich um das Leben von Kreaturen namens Bakugan und die Kämpfer, die sie besitzen. Die vierte und letzte Staffel, Mechtanium Surge , wurde in Japan nie ausgestrahlt und lief stattdessen in den nordamerikanischen Märkten. Allerdings wurde eine Japan-exklusive Manga-Serie, Baku Tech! Bakugan, die vom 15. August bis zum 15. Januar lief, Bakugan Gachi, die vom 6. April bis zum 28. Dezember lief, enthüllte Spin Master Pläne für eine Neuauflage von Bakugan. Der Relaunch wurde später am 30. November für das erste Quartal angekündigt, wobei der Titel der Serie als Bakugan Battle Planet bekannt gegeben wurde. Dan Kusos Leben ändert sich, als eines Tages Jokerkarten vom Himmel fallen und er sich eine davon schnappt, die er und sein Freund Shun benutzen, um ein Spiel zu erfinden, das sie Bakugan nennen. Vestroia verliert sein natürliches Gleichgewicht und verschmilzt mit der Erde und vielen anderen Welten. Ein abtrünniger Bakugan namens Naga ist versucht, die Macht des Unendlichen und des Stummen Kerns an sich zu reißen, die zusammen den Perfekten Kern bildeten, der Vestroia im Gleichgewicht hielt, aber Naga hat zu viel negative Energie absorbiert und ist deshalb im Stummen Kern gefangen, was Vestroia destabilisiert. Naga ist nun auf der Suche nach dem mächtigen Unendlichkeitskern, um den allmächtigen Perfekten Kern zu vervollständigen und allmächtige Macht und absolute Kontrolle über die Erde und Vestroia zu erlangen. Zwei der sechs Battle Brawler, Dan und Marucho, kehren nach Neu-Vestroia zurück und entdecken, dass es von einer außerirdischen Rasse namens Vestal kolonisiert wurde, die nicht weiß, dass die Bakugan intelligente Wesen sind. Auf diese Weise erfährt Dan die Wahrheit über Bakugan und gründet daraufhin den Widerstand der Bakugan Brawlers. Sie kämpfen gegen die bösen Vexos, die besten Vestal-Brawler, die den Regeln ihres Prinzen folgen. Die Brawlers zerstören jeden der drei Dimensionskontrolleure, die die Bakugan in ihrer Kugelform halten, und befreien New Vestroia. Der Widerstand trennt sich, findet sich aber sechs Monate später wieder zusammen, als er erfährt, dass König Zenoheld von Vestal die Sechs Alten Krieger angegriffen hat, um die Attributenergien zu stehlen. In ihrer Verzweiflung geben die Alten Krieger den Widerstands-Bakugan ihre Attribut-Energien, um sie vor Zenoheld zu schützen, der über das Bakugan-Termination-System verfügt, eine Maschine, die alle Bakugan auslöschen soll, aber die Attribut-Energien benötigt, um sie zu betreiben. Diese Energien führen dazu, dass sich die sechs Bakugan weiterentwickeln. Nachdem sie die Hälfte der Energien verloren haben, beschließen die Brawlers, stattdessen anzugreifen, und gehen ein vorübergehendes Bündnis mit Spectra Phantom, dem ehemaligen Anführer der Vexos, und seinem Handlanger Gus Grav ein. Die verbleibenden Energien werden jedoch genommen und die Brawlers eilen nach Neu-Vestroia, um alle Bakugan zu evakuieren. Drago weigert sich jedoch, aufzugeben, und schafft es, das BT-System zu zerstören, indem er alle 6 Attributenergien absorbiert und sich wieder in einen Helix-Dragonoiden verwandelt. Die Dinge beruhigen sich, bis Spectra wieder auftaucht, um gegen Dan zu kämpfen. Als er verliert, gibt er zu, dass Dan die Nummer eins ist, und schließt sich den Brawlers an, wobei er zu seinem ursprünglichen Selbst, Keith Clay, zurückkehrt. Keith enthüllt, dass Zenoheld an einer mächtigen Waffe namens “Alternatives System” arbeitet und hilft bei der Konstruktion von Kampfausrüstung für Drago. In der Zwischenzeit beginnen die Vexos von innen heraus zu bröckeln, als sowohl Volt als auch Lync beschließen, zu gehen, da sie der Meinung sind, dass Zenoheld und sein Sohn Hydron endgültig zu weit gegangen sind. In der letzten Schlacht gelingt es den Brawlers mit Gus, der sich ihnen als neues Mitglied anschließt, das Alternative System zu zerstören, und der Widerstand geht getrennte Wege. Nachdem sie Zenoheld besiegt haben, kehren die Brawlers zur Erde zurück und gründen mit der Hilfe des Neuankömmlings Ren Bakugan Interspace. Ren ist jedoch nicht das, was er zu sein scheint, und offenbart, dass er ein Gundalianer ist, der Hilfe braucht, da sein Planet Gundalia von Neathia angegriffen wird. Shun ist nicht überzeugt und stellt fest, dass Ren lügt, als Prinzessin Fabia auftaucht und Rens Geschichte widerlegt. Die Brawlers erklären sich bereit, Fabia zu helfen und machen sich auf den Weg nach Neathia, um die Gundalianer abzuwehren. In der Zwischenzeit zeigt Ren Anzeichen von Misstrauen gegenüber Barodius Gundalias tyrannischem Imperator und läuft schließlich über, um sich den Brawlers anzuschließen. Unglücklicherweise wird Jake von Kazarina Gundalias führender Bakugan-Biologin gefangen genommen und einer Gehirnwäsche unterzogen, so dass sich die Brawlers auf den Weg nach Gundalia machen, um ihn zusammen mit Rens inhaftierten Mannschaftskameraden zu retten, die wegen ihres Versagens eingesperrt wurden. Hinzu kommen Nurzak, ein ehemaliger Berater von Barodius, der sich gegen ihn wandte, als er sah, dass er Gundalia in den Ruin führen würde, und Mason Brown, ein Mannschaftskamerad, der aus der Gefangenschaft entkommen war und sich ebenfalls auf die Seite von Neathia gestellt hatte. Sobald sie das getan haben, starten die Zwölf Orden einen letzten Angriff auf Neathia. Die Brawler eilen rechtzeitig zurück, um den Planeten zu verteidigen, während Dan und Barodius ihren letzten Kampf austragen.
Linehalt setzt seine Verbotenen Kräfte ein, um das vom Krieg zerrüttete Neathia wiederherzustellen, während Barodius und Dharak durch eine Überladung mit enormer Energie und Macht aus dem Heiligen Orb zerstört werden, den sie trotzdem zu stehlen versuchten, obwohl Dan und Drago sie besiegten, was Drago neue Stärke und Fähigkeiten verleiht, ihm erlaubt, sich zu Titanium Dragonoid zu entwickeln und ihm den Status eines Herrschers über alle Bakugan gewährt. Erschwerend kommt hinzu, dass Dan und Drago ständig unter Visionen leiden, die ihnen von Mag Mel und Razenoid geschickt werden. Diese führen dazu, dass sie schnell ihre Fans verlieren, als Drago mehrmals im Kampf die Kontrolle verliert und das Leben aller Kinder im Interspace bedroht. Shun und Marucho können nicht helfen, da Dan alles für sich behält. Als Dan erneut die Kontrolle verliert und Anubias im Kampf fast tötet, lassen ihn alle Fans im Stich und er geht nach New Vestroia, um zu trainieren. Shun übernimmt in der Zwischenzeit die Führung der Battle Brawlers und macht es sich zur Aufgabe, die Brawlers zu ihrem früheren Ruhm zurückzuführen. Er wird immer gefühlloser und ignoriert alle Meinungen außer seiner eigenen, während Marucho versucht, ihm zu helfen, ein besserer Anführer zu werden. Paige und Rafe tauchen auf, um von ihnen zu lernen, finden sie aber in Unordnung vor. Währenddessen beheben Dan und Drago ihr Problem und bereiten sich auf ihre Rückkehr vor. Als die Chaos-Bakugan beginnen, Interspace zu zerstören, taucht Spectra aus dem Nichts auf, um den Brawlers zu helfen, und vernichtet viele der Chaos-Bakugan. Danach kehrt Dan zurück, ist aber nicht mehr synchron und besiegt versehentlich seine Mitstreiter mit Zenthon. Später erzählt er ihnen von Mag Mel Spectra, die zuvor gegangen war, und ist enttäuscht, dass Dan sich verändert hat. Shun geht hinaus und weist Tayleans Worte zurück. Dan hat später eine Vision, die wahr ist, dass Gundalia von Mag Mel angegriffen wurde, die nun frei ist. Dan kommt an und erzählt ihnen von Gundalia, was Paige unerwartet bestätigt. Die Brawler entlassen Dan und lassen ihn nicht gehen, aber Dan sagt etwas verärgert, dass er nicht fragt, sondern ihnen sagt, dass er ein originaler Brawler ist und nicht aus dem Kampf ausgeschlossen werden soll. Sie lassen ihn mitkommen und retten Rens Heimatwelt. Dann treffen sie auf Mag Mel und entdecken, dass Interspace zerstört wurde, also kehren sie zur Erde zurück, um es zu retten, aber sie sitzen in der Falle und müssen einen Weg finden, um das Tor, den Schlüssel, die Kämpfer und Interspace zu retten. In diesem Moment entpuppen sich Anubias und Sellon als künstliche Lebensformen, die von Mag Mel geschaffen wurden, um seine Wiederauferstehung zu sichern, und denen es gelungen ist, Dans Schlüssel zu stehlen. In einem neuen Kampf findet Dan heraus, dass Mag Mel in Wirklichkeit Barodius ist, der seine letzte Begegnung auf Neathia überlebt hat, nachdem er in die dunkle, umgekehrte Dimension transportiert wurde, die von Code Eve geschaffen wurde. Später plant er, die Erde, Gundalia, Neathia, Vestal und New Vestroia zu zerstören, indem er alle Zivilisationen in die dunkle umgekehrte Dimension schickt. Es gelingt ihnen zu gewinnen, aber bevor sie verschwinden, sagt Mag Mel, dass sein endgültiges Ableben Dan und Drago ein weiteres Unglück bringen wird. Einige Monate später zeigt sich, dass Bakugan City einen friedlichen Start hatte, da die Menschen nun mit den Bakugan aus New Vestroia kommuniziert haben. Doch nicht alles ist gut, als 4 Mechtogan unter der Führung von Coredegon, die sich von ihren Bakugan befreit haben, beginnen, die Stadt zu terrorisieren. Und nicht nur das Ein neuer Feind namens Wiseman ist mit uralten Bakugan, den Nonets, aufgetaucht. Am Anfang sind die Brawler verwirrt, weil Wiseman irgendwie das Aussehen von Gunz Lazar hatte, dem neuen Haos Brawler, der verschwand, nachdem die vier Mechtogan Bakugan City angegriffen hatten. Später stellte sich jedoch heraus, dass Wiseman in Wirklichkeit Coredegon in Verkleidung war, während der echte Gunz in ein Koma versetzt wurde, so dass seine negative Energie absorbiert wurde. Nachdem Coredegon zusammen mit seinen Kumpanen in seiner kombinierten Form als Mechtogan-Zerstörer die Brawler in die Schicksalsdimension geschickt hatte, zerstörte er die Erde und New Vestroia vollständig. Nachdem Gunz wieder in seinem normalen Zustand ist, reisen Dan und die anderen durch die Zeit, um Mechtavius Destroyer davon abzuhalten, alle Menschen und Bakugan zu töten. In der letzten Schlacht erlangt der Dragonoid Destroyer, der Dragos letzter Mechtogan ist, eine unendliche Macht, die aus der Verbindung zwischen Bakugan und Menschen auf der ganzen Welt stammt, was ihnen die Möglichkeit gab, den Nonet Mechtogan zu besiegen und sie zwischen den Dimensionen zurückzuschicken. Dans Freunde schmeißen eine Party für ihn, stellen aber bald fest, dass Dan verschwunden ist. Shun sieht, wie Dan und Drago mit einem von Kato geliehenen Boot davonsegeln. Dan sagt, dass ein weiteres Abenteuer auf ihn und Drago wartet und dass er genug Zeit im Rampenlicht hatte, so dass er andere Brawler in seinen Rang aufsteigen lassen will. Nelvana Limited produzierte die englischsprachige Version und brachte die Serie im Juli auf dem kanadischen Sender Teletoon und am 24. Februar auf Cartoon Network heraus. Eine alternative englische Synchronisation, die von Odex produziert wurde und bei der alle Charakternamen auf Japanisch beibehalten wurden, hatte auf Cartoon Network Singapore Premiere. Die Serie wird derzeit auf Kabillion wiederaufgenommen. S am 9. Mai Aufgrund der Einschaltquoten in Kanada wurde New Vestroia um weitere 26 Folgen verlängert.